La Asamblea es el órgano supremo de expresión de la voluntad de la asociación. Está integrada por todos los asociados y sus acuerdos se adoptan democráticamente.
La Junta Directiva es el órgano ejecutivo, rector y gestor de la Asociación. Su actuación está supeditada a la Ley, a los estatutos y a los acuerdos válidamente adoptados por la Asamblea General.
El Equipo Técnico realiza labores de animación y sensibilización de la población local, informa sobre las posibilidades y ayudas de los Programas de Desarrollo ejecutados directamente por la Asociación y de otros organismos y tutela a los promotores de los proyectos de la Comarca. Está compuesto por Gerente, Técnicos y Responsable Administrativo y Financiero.